Màu mắt là một đặc tính hình thái polygene xác định bởi hai yếu tố khác biệt: sắc tố của mống mắt[1][2] và tần số phụ thuộc vào sự tán xạ của ánh sáng bởi môi trường đục trong stroma của mống mắt.[3]:9Ở người, sắc tố của mống mắt thay đổi từ màu nâu nhạt đến đen, phụ thuộc vào nồng độ melanin trong biểu mô sắc tố tia cực tím(nằm ở phía sau của mống mắt), hàm lượng melanin trong stroma mống mắt(nằm ở mặt trước của mống mắt), và mật độ tế bào của stroma.[4]Việc xuất hiện những đôi mắt có màu xanh dương, xanh lá cũng như màu nâu lục nhạt (hazel), kết quả từ hiệu ứng tán xạ Tyndall của ánh sáng trong stroma, một hiện tượng tương tự cũng giải thích cho việc bầu trời có màu xanh gọi là hiện tượng tán xạ Rayleigh.[5] Không có sắc tố xanh lá hay xanh dương nào hiện diện trong mống mắt người hay chất dịch lưu trong mắt.[3][6] Màu mắt là một ví dụ về kết cấu màu sắc và thay đổi tùy thuộc vào điều kiện ánh sáng, đặc biệt đối với mống mắt sáng màu.